序列相关
- 密码子表达优化：Jcat
- 核酸翻译为蛋白：Translate
- 序列比对和搜索：NCBI Blast，Uniprot Blast，HMMER，HHblits
- 序列比对的作图：ESPript2，ESPript3， Jalview
- 蛋白质家族搜索：Tigr，pfam
- 引物设计的质量：MFEprimer
蛋白特性预测
- 突变影响功能预测：MutPred
- 突变热稳定性预测：AutoMute， PPSC， MUpro， cupsat， Eris， sdm， DFIRE， POPMUSIC， IMUTANT， MUTDB， PremPS
- 蛋白质pKa值预测：H++， Propka， Depth
- 蛋白质自聚集分析：AGGRESCAN
- 糖基化位点的预测：NetNGlyc
- 信号肽位点的预测：SignalP
- 核定位序列的预测：NucPred，cNLS Mapper
蛋白质结构相关
- 相似结构搜索：PDBeFold
- 二级结构预测：CFSSP， GOR4， PORTER， PsiPred, Jpred
- 三级结构预测：I-TASSER，SwissModel，D-QUARK, RaptorX
- 突变结构预测：RosettaBackrub
- 短肽结构预测：PEP-FOLD
- 螺旋结构作图：Wheel，Helical_Wheel
- 跨膜β 桶预测：BetAware
- 跨膜螺旋预测：TMpred，Phobius，TMHMM
- 振动模式分析：Bio3D，CABSflex2
- 无折叠区预测：DisEMBL，GlobPlot
- 结构域的分割：DomainParser
- 常用工具软件：PDBtools，PDBePISA
- ROSETTA软件：ROSIE (Rosetta Online Server that Includes Everyone)
- 结构域的检索：Interpro, CCD
- 结构域的组装：DEMO, CPXassemble
- 三维结构比对：US-align, TMalign, Seq3DAlign
免疫相关
- 可变区的识别：AbRSA， Abnum
- 抗体结构预测：ABodyBuilder, PIGS
- 抗体接触位点：proABC
- 抗体序列搜索：IMGT/V-QUEST, IgBlast
- 抗体序列数据：VBASE2,abYsis
- 抗原表位预测：IEDB, SEPPA3
- MHC多肽预测：NetMHCpan， NetMHC
相互作用相关
- 相互作用热点预测：KFC2， HotPOINT
- 蛋白蛋白分子对接：ZDOCK，HDOCK，QASDOM，PatchDock
- 蛋白配体分子对接：CB-Dock2，CB-Dock，SwissDock，MTiOpenScreen
- 蛋白配体结合模式：PLIP, LigPlus
- 蛋白质口袋区预测：Depth， ConCavity, CavityPlus, COACH-D
- 突变影响蛋白互作：Mutabind2
药物设计相关
- 药物聚集特性预测：ChemAGG
- 药物药代特性预测：SwissADME
- 药物靶点蛋白预测：SwissTargetPrediction，HitPickV2, TargetNet
- 药物靶点蛋白预测：云深智药
数据库
- 核酸序列数据库：GenBank
- 蛋白序列数据库：UniProt, Swiss-Prot
- 蛋白质结构数据：RCSB PDB
- 蛋白结构增强集：PDBFINDER
- 常用小分子库集：Click2Drug
- 抑制剂分子购买：Selleckchem
- 突变蛋白数据库：DRSP
- 无折叠蛋白质库：DisProt
- 肿瘤突变信息库：cBioPortal for Cancer Genomics
- 药物分子信息数据：PubChem，DrugBank ChEMBL
- 新冠序列信息库：gisaid， CNGBdb, DrugDevCovid19
- 流感序列信息库：gisaid， NCBI Influenza virus database Simple NCBI Directory
- 蛋白蛋白互作库：SKEMPI